Les collections du musée (les plus anciennes d'Europe), sont présentées dans une très belle salle construite, entre 1905 et 1907, dans une aile du bâtiment ajoutée par l'architecte Ginain au "Collège de Chirurgie", un des plus beaux bâtiments construits au XVIIIe siècle par l'architecte Jacques Gondoin. A la Révolution, avec la suppression des corporations, le Collège de Chirurgie est fermé. Il faut attendre 1795 pour qu'à nouveau un enseignement médical soit dispensé "aux élèves de la Patrie" à l'école de Santé, mais il n'est toujours pas question d'un musée d'histoire de la médecine. Les instruments attendent dans un grenier. A l'occasion du Congès de Médecine de 1890 on parle d'un musée, mais le doyen Debove s'y oppose. En 1955, le musée est enfin installé dans cette belle pièce de 25 m de long sur 8 m de large, décorée de boiseries dans lesquelles sont enchâssés des portraits de médecins et de chirurgiens célèbres, pour la plupart peints au XVIIIè siècle. Aux instruments de chirurgie réunis par le doyen Lafaye au XVIIIè siècle, s'ajoute un important ensemble de pièces qui couvre les différentes branches de l'art opératoire jusqu'à la fin du XIXè siècle.